เจตนารมณ์ ของมูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ในพระบรมราชูปถัมภ์ คือ
- เผยแพร่พระเกียรติคุณแห่งสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก
- มอบรางวัลแก่บุคคลหรือองค์กรที่ปฏิบัติงาน และ/หรือวิจัยดีเด่นทางด้านการแพทย์ อันก่อให้เกิดประโยชน์แก่มนุษยชาติ
- มอบรางวัลแก่บุคคลหรือองค์กร ที่ปฏิบัติงานดีเด่นทางด้านการสาธารณสุข เป็นประโยชน์แก่สุขภาพอนามัยของมนุษยชาติ
- ดำเนินการเพื่อสาธารณประโยชน์ หรือร่วมกับองค์กรการกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์
- ไม่ดำเนินการเกี่ยวข้องกับการเมืองแต่ประการใด