ผู้ได้รับพระราชทานรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ประจำปี 2549 ได้แก่
สาขาการแพทย์: ศาสตราจารย์นายแพทย์ แสตนลีย์ จี ชูลท์ซ สหรัฐอเมริกา
สาขาการสาธารณสุข: นายแพทย์เดวิด อาร์ นาลิน สหรัฐอเมริกา นายแพทย์ริชาร์ด เอ แคช สหรัฐอเมริกา และ นายแพทย์ดิลิป มหาลานาบิส ประเทศอินเดีย
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในฐานะองค์ประธานมูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ในพระบรมราชูปถัมภ์ พระราชทานลายพระหัตถ์แสดงความยินดีไปยัง แพทย์หญิงมาร์กาเร็ต ชาน ผู้รับพระราชทานรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ประจำปี 2541 ในโอกาสได้รับการเลือกตั้งขึ้นดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการใหญ่องค์การอนามัยโลก
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชสาสน์แสดงความยินดีไปยัง แพทย์หญิงมาร์กาเร็ต ชาน ผู้ได้รับพระราชทานรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล สาขาการสาธารณสุข ประจำปี 2541 เมือวันที่ 6 ธันวาคม 2549 ในโอกาสได้รับเลือกตั้งเป็นผู้อำนวยการใหญ่องค์การอนามัยโลก
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ ศ. น.พ. แบรี่ มาร์แชล ผู้ได้รับพระราชทานรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล สาขาการสาธารณสุข ประจำปี 2544 และ รางวัลโนเบล สาขาการแพทย์ ประจำปี 2548 เข้าเฝ้าฯ ณ วังสระปทุม เมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน 2549 ในโอกาสเดินทางมาร่วมการประชุม Western-Pacific Helicobacter Congress ครั้งที่ 6 ณ โรงแรมพลาซ่า แอทธินี กรุงเทพฯ
คณะกรรมการมูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ในพระบรมราชูปถัมภ์ พร้อมผู้แทนสถานเอกอัครราชทูต ประเทศผู้ได้รับพระราชทานรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล ประจำปี 2549 ร่วมแถลงข่าวผลผู้ได้รับพระราชทานรางวัล ณ ห้องสมเด็จพระบรมราชชนก ชั้น 2 ตึกสยามินทร์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 9 พฤศจิกายน 2549 เวลา 14.00 น.
ศาสตราจารย์นายแพทย์ แบรี่ มาร์แชล เจ้าของผลงานการค้นพบเชื้อแบคทีเรีย Helicobacter Pylori สาเหตุของโรคแผลในกระเพาะอาหาร ทำให้ท่านได้รับรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลสาขาการสาธารณสุขประจำปี 2544 และรางวัลโนเบลสาขาการแพทย์ประจำปี 2548 ได้ให้สัมภาษณ์แก่ผู้สื่อข่าวในประเทศไทยเมื่อวันที่ 14 พฤศจิกายน 2549
