รางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล มีการให้รางวัลเป็นประจำทุกปีๆ ละ 2 รางวัล คือ
- รางวัลทางการแพทย์ มอบให้แก่บุคคลหรือองค์กรที่ปฏิบัติงาน และ/หรือ วิจัยดีเด่นการแพทย์ อันก่อประโยชน์แก่มนุษยชาติ
- รางวัลทางสาธารณสุข มอบให้แก่บุคคลหรือองค์กรที่ปฏิบัติงานดีเด่นทางด้านสาธารณสุข เป็นประโยชน์แก่สุขภาพอนามัยของมนุษยชาติ*
หมายเหตุ: มูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลฯ มอบ 2 รางวัลนี้ เพื่อถวายเป็นพระราชอนุสรณ์ แด่สมเด็จพระบรมราชชนก ที่ทรงสำเร็จวิชาแพทย์ (Doctor of Medicine) และทรงได้รับประกาศนียบัตรวิชาการสาธารณสุข (Certificate of Public Health)